Sau khi rời khoa Nghệ thuật từ Đại học Nihon, Genki làm trợ lý đạo diễn tại Nikkatsu. Ở tuổi lên ba, bộ phim đầu tiên ông xem là E.T. Sinh vật ngoài hành tinh của Steven Spielberg, cho đến năm 2002 khi bộ phim được phát hành lại nhân dịp kỉ kiệm 20 năm phát hành gốc, ở tuổi 23 sau khi chứng kiến bản này thì Genki đã có đam mê trở thành nhà làm phim.[3] Về thời gian còn là đứa trẻ ba tuổi, ông bắt đầu tập đọc Kinh Thánh vì mẹ ông là một người Kitô hữu.[4] Khi học tiểu học, ông thường xem phim cùng cha mình mỗi thứ Bảy và Chủ Nhật, vài năm trước đó không đến nhà trẻ.[5]

Sau khi tốt nghiệp đại học, Genki gia nhập Toho năm 2001, trong thời gian đầu ở công ty này, ông làm nhân viên bán vé cho một nhà hát ở Osaka.[6] Năm 2010, Genki được chọn trong hạng mục "Next Gen Asia 2010" (Thế hệ mới châu Á) của tạp chí The Hollywood Reporter.[7]

Năm 2012, khởi đầu vai trò tiểu thuyết gia với tiểu thuyết Thế gian này, nếu chẳng còn Mèo, sau này được xuất bản ra tiếng Việt bởi công ty Xuất bản Truyền thông IPM vào 2016. Năm 2013, ông cho ra cuốn sách Tiny Fuseninu Monogatari đồng tác giả với Kenjiro Sano. Tác phẩm sau này được chuyển thể thành hoạt họa truyền hình với tên "Fuuseninu Tiny" chiếu trên đài NHK. Năm 2014, sáng tác cuốn tiểu thuyết thứ hai "Million Dollar Man" và cuốn sách ảnh "Moom", được xuất bản trên tạp chí BRUTUS.

Năm 2016, tiểu thuyết đầu tiên của ông được dựng thành phim live-action, đạo diễn bởi Nagai Akira, và cuốn sách ảnh "Moom", được dựng thành phim hoạt hình 3D bởi Robert Kondo và Dice Tsutsumi, hai đạo diễn từ bộ phim ngắn xuất sắc The Dam Keeper. Cùng năm, tham gia sản xuất bộ phim anime ăn khách Your Name – Tên cậu là gì? của Shinkai Makoto. Bộ phim đạt hơn 19 triệu khán giả đón xem và hơn 25 tỷ yên doanh thu phòng vé, đồng thời được ghi nhận là bộ phim có doanh thu phòng vé cao nhất trong các bộ phim anime Nhật Bản liên tiếp ở Trung Quốc, Hàn Quốc và Đài Loan.[8] Tại Hoa Kỳ và Châu Âu, ông được trao giải tổ chức bởi Hiệp hội phê bình phim Los Angeles cho Phim hoạt hình hay nhất và Giải Phim hoạt hình hay nhất của liên hoan phim Sitges lần thứ 49.

Năm 2017, ông chỉ đạo một video âm nhạc dựa trên bài hát "Something Just Like This" của The Chainsmokers và Coldplay, có sự góp mặt của diễn viên người mẫu Komatsu Nana.[9] Năm 2018, Genki phụ trách kịch bản cho bộ phim điện ảnh thứ 38 của bộ truyện Doreamon là Doraemon: Nobita và đảo giấu vàng, đồng thời ra mắt sự nghiệp nhà biên kịch[10] Cùng năm, ông ra mắt sự nghiệp đạo diễn trong việc làm bộ phim ngắn đầu tiên Duality, sản xuất cùng Masahiko Sato, sau giành giải Cành cọ vàng tại liên hoan phim Cannes.[11][12]

Năm 2019, ông tham gia sản xuất bộ phim Đứa con của thời tiết cùng đạo diễn Shinkai Makoto.[13] Năm 2020, ông viết kịch bản cho Doraemon: Nobita no Shin Kyōryū bộ phim kỷ niệm 50 năm sáng tác Doraemon.[14]